Ordonné prêtre en 1975, Mgr Lebeaupin a rejoint les services diplomatiques du Saint-Siège en 1979, faisant partie de la délégation du Saint-Siège aux Nations Unies à New York puis au Mozambique (1985-1989). Il est rappelé à Rome de 1989 à 1998 et est affecté par la Secrétairerie d’Etat du Vatican aux relations avec l’Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe (OSCE).
En 1998, Jean Paul II l’a consacré évêque et nommé nonce apostolique en Equateur. Il a ensuite été nonce au Kenya de 2005 à 2012, puis nonce auprès de l’Union européenne de 2012 à 2020. (cath.ch/imedia/cd/be)
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